Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS41P49754 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS41P49754 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
VPS41P49754 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS41P49754 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VPS41P49754 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VPS41P49754 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS41P49754 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
VPS41P49754 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
VPS41P49754 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
VPS41P49754 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS41P49754 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS41P49754 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
VPS41P49754 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
VPS41P49754 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
VPS41P49754 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
VPS41P49754 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
VPS41P49754 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
VPS41P49754 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
VPS41P49754 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
VPS41P49754 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS41P49754 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
VPS41P49754 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VPS41P49754 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
VPS41P49754 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS41P49754 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS41P49754 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS41P49754 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS41P49754 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS41P49754 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS41P49754 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS41P49754 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS41P49754 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS41P49754 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS41P49754 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS41P49754 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS41P49754 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS41P49754 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS41P49754 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS41P49754 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS41P49754 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS41P49754 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS41P49754 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS41P49754 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS41P49754 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS41P49754 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS41P49754 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS41P49754 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS41P49754 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS41P49754 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS41P49754 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
VPS41P49754 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS41P49754 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS41P49754 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
VPS41P49754 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS41P49754 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS41P49754 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS41P49754 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS41P49754 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS41P49754 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS41P49754 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS41P49754 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS41P49754 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS41P49754 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
VPS41P49754 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS41P49754 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS41P49754 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS41P49754 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS41P49754 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS41P49754 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS41P49754 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS41P49754 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS41P49754 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS41P49754 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
VPS41P49754 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS41P49754 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS41P49754 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS41P49754 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS41P49754 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS41P49754 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS41P49754 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS41P49754 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS41P49754 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS41P49754 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS41P49754 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS41P49754 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS41P49754 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS41P49754 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms