Protein–RNA interactions for Protein: P48436

SOX9, Transcription factor SOX-9, humanhuman

Predictions only

Length 509 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX9P48436 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SOX9P48436 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SOX9P48436 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SOX9P48436 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SOX9P48436 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SOX9P48436 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SOX9P48436 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SOX9P48436 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SOX9P48436 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SOX9P48436 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SOX9P48436 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SOX9P48436 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SOX9P48436 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SOX9P48436 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SOX9P48436 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SOX9P48436 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SOX9P48436 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SOX9P48436 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SOX9P48436 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SOX9P48436 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SOX9P48436 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SOX9P48436 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SOX9P48436 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SOX9P48436 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SOX9P48436 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SOX9P48436 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SOX9P48436 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SOX9P48436 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SOX9P48436 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SOX9P48436 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SOX9P48436 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SOX9P48436 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SOX9P48436 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SOX9P48436 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SOX9P48436 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SOX9P48436 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SOX9P48436 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SOX9P48436 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SOX9P48436 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SOX9P48436 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SOX9P48436 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SOX9P48436 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SOX9P48436 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SOX9P48436 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SOX9P48436 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SOX9P48436 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SOX9P48436 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SOX9P48436 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SOX9P48436 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SOX9P48436 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SOX9P48436 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SOX9P48436 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SOX9P48436 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SOX9P48436 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
SOX9P48436 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SOX9P48436 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SOX9P48436 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SOX9P48436 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SOX9P48436 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SOX9P48436 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SOX9P48436 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SOX9P48436 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SOX9P48436 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SOX9P48436 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SOX9P48436 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SOX9P48436 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SOX9P48436 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SOX9P48436 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SOX9P48436 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SOX9P48436 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SOX9P48436 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SOX9P48436 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SOX9P48436 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SOX9P48436 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SOX9P48436 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SOX9P48436 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SOX9P48436 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SOX9P48436 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SOX9P48436 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SOX9P48436 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SOX9P48436 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
SOX9P48436 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SOX9P48436 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SOX9P48436 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SOX9P48436 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SOX9P48436 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SOX9P48436 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms