Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
HOXA9P31269 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
HOXA9P31269 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
HOXA9P31269 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HOXA9P31269 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXA9P31269 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXA9P31269 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXA9P31269 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HOXA9P31269 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HOXA9P31269 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.6 ms