Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL8A1P27658 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
COL8A1P27658 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
COL8A1P27658 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
COL8A1P27658 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL8A1P27658 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL8A1P27658 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL8A1P27658 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL8A1P27658 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL8A1P27658 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL8A1P27658 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms