Protein–RNA interactions for Protein: P08572

COL4A2, Collagen alpha-2(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A2P08572 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL4A2P08572 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL4A2P08572 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL4A2P08572 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL4A2P08572 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A2P08572 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A2P08572 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL4A2P08572 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL4A2P08572 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL4A2P08572 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms