Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 SCART1-204ENST00000482993 4904 ntTSL 219.44■□□□□ 0.72e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 12e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.732e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.572e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC17.17■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NUTF2-202ENST00000567105 582 ntTSL 315.72■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 NDUFAF2-202ENST00000502658 461 ntTSL 1 (best)4.05□□□□□ -1.762e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.074e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 LINC00470-211ENST00000584492 1281 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.354e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 LINC00470-203ENST00000577867 1211 ntTSL 1 (best)12.23□□□□□ -0.454e-6■■■■■ 43
SF3B1O75533 KDM4B-207ENST00000588961 560 ntTSL 49.16□□□□□ -0.947e-7■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 LINC00470-201ENST00000412816 2031 ntTSL 2 BASIC10.31□□□□□ -0.764e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 ESYT2-205ENST00000497111 663 ntTSL 416.78■□□□□ 0.286e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.155e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 UBE2I-215ENST00000567074 884 ntTSL 1 (best)21.02■□□□□ 0.955e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.695e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 UBE2I-214ENST00000566775 396 ntTSL 39.37□□□□□ -0.915e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 PCGF5-205ENST00000614189 7037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.474e-6■■■■■ 42.9
SF3B1O75533 ANK1-209ENST00000520299 3587 ntTSL 210.13□□□□□ -0.792e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 CSTB-202ENST00000480147 2344 nt21.87■■□□□ 1.093e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 FAM76B-210ENST00000542135 610 ntTSL 218.21■□□□□ 0.513e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.433e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 CSTB-203ENST00000639959 1855 ntTSL 516.44■□□□□ 0.223e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-211ENST00000446940 525 ntTSL 415.96■□□□□ 0.153e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 FAM76B-208ENST00000540054 730 ntTSL 215.54■□□□□ 0.083e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.053e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-206ENST00000424110 546 ntTSL 415.33■□□□□ 0.043e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 TTC19-205ENST00000470649 760 ntAPPRIS ALT2 TSL 310.25□□□□□ -0.773e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-210ENST00000442400 955 ntTSL 58.92□□□□□ -0.983e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 TTC19-207ENST00000481107 3075 ntTSL 27.62□□□□□ -1.193e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-207ENST00000429419 547 ntTSL 55.4□□□□□ -1.553e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-205ENST00000420234 562 ntTSL 55.05□□□□□ -1.63e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 TTC19-202ENST00000465567 2801 ntTSL 1 (best)4.68□□□□□ -1.663e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 PUM2-208ENST00000432105 584 ntTSL 54.4□□□□□ -1.713e-9■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.855e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.625e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-218ENST00000568288 501 ntTSL 518.88■□□□□ 0.615e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-217ENST00000568209 266 ntTSL 518.59■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.065e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.045e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-204ENST00000397515 3109 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 UBE2I-202ENST00000355803 3253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.265e-6■■■■■ 42.8
SF3B1O75533 AC023509.1-201ENST00000547717 1571 ntTSL 2 BASIC11.3□□□□□ -0.66e-7■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PCBP2-217ENST00000550520 753 ntTSL 311.87□□□□□ -0.514e-7■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PCBP2-221ENST00000551104 681 ntTSL 39.2□□□□□ -0.944e-7■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 CABIN1-208ENST00000467937 593 ntTSL 320.24■□□□□ 0.831e-8■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 HBS1L-210ENST00000527005 2224 ntTSL 1 (best)4.07□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 LAMA5-210ENST00000491036 728 ntTSL 217.77■□□□□ 0.442e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PABPC4-219ENST00000525045 765 ntTSL 215.66■□□□□ 0.12e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 LAMA5-203ENST00000370691 3160 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.192e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PABPC4-214ENST00000483770 476 ntTSL 29.97□□□□□ -0.812e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PABPC4-220ENST00000525669 582 ntTSL 29.18□□□□□ -0.942e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 PABPC4-222ENST00000527718 746 ntTSL 56.54□□□□□ -1.362e-9■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 FIP1L1-204ENST00000504094 2177 ntTSL 24.42□□□□□ -1.72e-6■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 FIP1L1-211ENST00000513008 1070 ntTSL 1 (best)2.17□□□□□ -2.062e-6■■■■■ 42.7
SF3B1O75533 DYNC1H1-204ENST00000555062 1351 ntTSL 219.67■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.24e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MLLT10-202ENST00000377059 4850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.6□□□□□ -1.194e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MLLT10-217ENST00000631589 4955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.61□□□□□ -1.354e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 CPED1-201ENST00000310396 5340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.64□□□□□ -1.353e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.081e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-203ENST00000366920 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-215ENST00000544041 5444 ntTSL 1 (best)13.74□□□□□ -0.211e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 MAP3K4-207ENST00000490904 5451 ntTSL 1 (best)13.64□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 PSAP-206ENST00000633965 500 ntTSL 58.11□□□□□ -1.113e-6■■■■■ 42.6
SF3B1O75533 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.523e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-216ENST00000555533 1605 ntTSL 1 (best)13.81□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-224ENST00000557550 1529 ntTSL 512.07□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-217ENST00000555640 2887 ntTSL 511.92□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-219ENST00000555902 868 ntTSL 310.27□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 METTL17-208ENST00000554354 249 ntTSL 57.82□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 TOP3B-204ENST00000430142 582 ntTSL 216.64■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 TOP3B-208ENST00000437929 550 ntTSL 47.61□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ANKRD12-206ENST00000577992 390 ntTSL 324.72■■□□□ 1.551e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 PRMT1-204ENST00000525616 780 ntTSL 224.14■■□□□ 1.461e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ANKRD12-209ENST00000585234 313 ntTSL 315.96■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ANKRD12-207ENST00000581635 631 ntTSL 412.2□□□□□ -0.461e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 MED15-229ENST00000489651 3563 ntTSL 1 (best)11.92□□□□□ -0.54e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 PAN2-205ENST00000547226 2642 ntTSL 59.24□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.11e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 01e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-203ENST00000393313 4358 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.181e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-202ENST00000393312 2375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.97□□□□□ -0.331e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-204ENST00000434602 955 ntTSL 512.1□□□□□ -0.471e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-206ENST00000439506 410 ntTSL 1 (best)3.89□□□□□ -1.791e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 ZNF800-205ENST00000436992 502 ntTSL 20.99□□□□□ -2.251e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 CEP192-203ENST00000506447 7960 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.621e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 CEP192-201ENST00000325971 7764 ntTSL 5 BASIC4.63□□□□□ -1.671e-6■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 OSBPL2-211ENST00000622332 754 ntTSL 310.97□□□□□ -0.656e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 OSBPL2-204ENST00000448156 450 ntTSL 310.28□□□□□ -0.766e-7■■■■■ 42.5
SF3B1O75533 OSBPL2-207ENST00000618198 693 ntTSL 29.61□□□□□ -0.876e-7■■■■■ 42.5
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 641.1 ms