Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SF3A1Q15459 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SF3A1Q15459 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
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