Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX56Q9NY93 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX56Q9NY93 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms