Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPUSD4Q96CM3 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPUSD4Q96CM3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms