Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
LMO4P61968 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
LMO4P61968 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
LMO4P61968 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
LMO4P61968 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
LMO4P61968 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
LMO4P61968 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms