Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PDCD2-201ENST00000167218 1118 ntTSL 530.73■■■□□ 2.512e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.192e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-214ENST00000545869 900 ntTSL 525.95■■□□□ 1.752e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-207ENST00000539212 445 ntTSL 319.04■□□□□ 0.642e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.638e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-213ENST00000544866 710 ntTSL 518.25■□□□□ 0.512e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-205ENST00000369558 8157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.28e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-206ENST00000369559 3424 ntTSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-208ENST00000426820 4112 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.99□□□□□ -0.978e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-211ENST00000626993 8016 ntTSL 5 BASIC7.83□□□□□ -1.168e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 HIPK1-204ENST00000369555 3966 ntTSL 5 BASIC6.79□□□□□ -1.328e-6■■■■■ 45.3
SF3B1O75533 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 11e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.792e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 DIAPH1-211ENST00000518047 4668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.53□□□□□ -0.722e-6■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 STXBP2-205ENST00000593854 704 ntTSL 220.22■□□□□ 0.832e-7■■■■■ 45.2
SF3B1O75533 OPLAH-204ENST00000618853 4031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.171e-7■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 NKTR-217ENST00000498730 4912 ntTSL 24.48□□□□□ -1.691e-14■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 DYNC1H1-201ENST00000360184 14333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.672e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 PPIG-202ENST00000409714 2615 ntTSL 1 (best) BASIC11.03□□□□□ -0.641e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 PPIG-201ENST00000260970 6368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.591e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 PPIG-207ENST00000448752 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.44□□□□□ -1.861e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 ARID4B-211ENST00000474953 3463 ntTSL 213.76□□□□□ -0.214e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 HBG2-203ENST00000380259 1772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 SP3-201ENST00000310015 6359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.526e-8■■■■■ 45.1
SF3B1O75533 FLNA-217ENST00000498411 368 ntTSL 316.1■□□□□ 0.171e-7■■■■■ 45
SF3B1O75533 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 PRC1-201ENST00000361188 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.542e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 PRC1-202ENST00000394249 3034 ntTSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.662e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-217ENST00000638952 5678 ntTSL 517.53■□□□□ 0.42e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-209ENST00000476241 4844 ntTSL 516.16■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-214ENST00000638475 2698 ntTSL 515.57■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 HNRNPU-224ENST00000640056 2045 ntTSL 510.27□□□□□ -0.772e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 LYPLA1-208ENST00000520718 577 ntTSL 1 (best)6.22□□□□□ -1.411e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 CHD7-201ENST00000423902 11568 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.89□□□□□ -0.993e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 ETNK1-203ENST00000538218 1659 ntTSL 1 (best)17.92■□□□□ 0.462e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 ETNK1-201ENST00000266517 7159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 DYRK1A-208ENST00000498351 224 ntTSL 1 (best)-0.57□□□□□ -2.55e-10■■■■■ 45
SF3B1O75533 BUD23-202ENST00000421304 538 ntTSL 421.52■■□□□ 1.031e-8■■■■■ 45
SF3B1O75533 BUD23-214ENST00000464615 458 ntTSL 519.63■□□□□ 0.731e-8■■■■■ 45
SF3B1O75533 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.821e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 NEK7-205ENST00000442588 519 ntTSL 517.71■□□□□ 0.421e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 PCGF5-204ENST00000543648 7144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.3□□□□□ -1.44e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 PCGF5-201ENST00000336126 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.474e-6■■■■■ 45
SF3B1O75533 AFF1-201ENST00000307808 9390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 AFF1-202ENST00000395146 9285 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.89□□□□□ -0.674e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 AFF1-211ENST00000544085 3644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.51□□□□□ -1.054e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 AC118553.2-205ENST00000638779 1983 ntTSL 522.89■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 KIAA0232-202ENST00000425103 7771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.46□□□□□ -1.222e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 KIAA0232-201ENST00000307659 7841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.78□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.091e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 ALDH1A2-204ENST00000537372 3700 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.231e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 ALDH1A2-202ENST00000347587 3297 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.711e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 ALDH1A2-203ENST00000430119 3049 ntTSL 210.36□□□□□ -0.751e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.36e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.796e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 TMEM41B-201ENST00000299596 1443 ntTSL 1 (best)15.27■□□□□ 0.046e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.016e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 TMEM41B-202ENST00000524543 3848 ntTSL 212.15□□□□□ -0.466e-7■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.945e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 DEDD2-202ENST00000593561 546 ntTSL 418.6■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 DEDD2-213ENST00000602201 556 ntTSL 418.55■□□□□ 0.565e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 DEDD2-207ENST00000598200 465 ntTSL 318.21■□□□□ 0.515e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 GNB1L-204ENST00000453108 702 ntTSL 322.14■■□□□ 1.145e-6■■■■■ 44.9
SF3B1O75533 CDC45-210ENST00000487669 736 ntTSL 317.43■□□□□ 0.383e-6■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 LSM5-208ENST00000450169 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.98□□□□□ -0.971e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 NT5M-203ENST00000478373 771 ntTSL 335.13■■■■□ 3.212e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.752e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.522e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.289e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 NT5M-202ENST00000470418 895 ntTSL 527.71■■■□□ 2.032e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-202ENST00000417736 2163 ntTSL 225.5■■□□□ 1.679e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-205ENST00000586810 1493 ntTSL 1 (best)20.25■□□□□ 0.839e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-209ENST00000590693 524 ntTSL 419.9■□□□□ 0.789e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-207ENST00000590103 1075 ntTSL 218.42■□□□□ 0.549e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 NT5M-205ENST00000483704 1408 ntTSL 317.71■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.369e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.39e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.279e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.229e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-212ENST00000591463 485 ntTSL 216.34■□□□□ 0.219e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-214ENST00000592683 481 ntTSL 4 BASIC14.82□□□□□ -0.049e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-208ENST00000590388 576 ntTSL 413.62□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 TUBB6-204ENST00000586691 359 ntTSL 27.29□□□□□ -1.249e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 SPTA1-209ENST00000498708 600 ntTSL 36.04□□□□□ -1.442e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 EGFL7-207ENST00000492862 723 ntTSL 519.88■□□□□ 0.771e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 EGFL7-205ENST00000490469 456 ntTSL 518.64■□□□□ 0.571e-7■■■■■ 44.8
SF3B1O75533 SND1-211ENST00000484767 460 ntTSL 49.48□□□□□ -0.894e-6■■■■■ 44.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 626.2 ms