Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.1 ms