Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA4Q00056 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
HOXA4Q00056 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms