Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
PTPN9P43378 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PTPN9P43378 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms