Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP39Q53GS9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP39Q53GS9 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms