Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SHOX2O60902 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHOX2O60902 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms