Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
KLHDC3Q9BQ90 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
KLHDC3Q9BQ90 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms