Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
USP4Q13107 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP4Q13107 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP4Q13107 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP4Q13107 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP4Q13107 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP4Q13107 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP4Q13107 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP4Q13107 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP4Q13107 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP4Q13107 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
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