Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5P4

COL4A3BP, Collagen type IV alpha-3-binding protein, humanhuman

Predictions only

Length 624 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3BPQ9Y5P4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL4A3BPQ9Y5P4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL4A3BPQ9Y5P4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL4A3BPQ9Y5P4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms