Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COL9A3Q14050 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
COL9A3Q14050 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL9A3Q14050 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
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