Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS35Q96QK1 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS35Q96QK1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms