Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPUSD4Q96CM3 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPUSD4Q96CM3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70 ms