Protein–RNA interactions for Protein: Q13509

TUBB3, Tubulin beta-3 chain, humanhuman

Predictions only

Length 450 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TUBB3Q13509 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TUBB3Q13509 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TUBB3Q13509 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TUBB3Q13509 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms