Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
BDNFP23560 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BDNFP23560 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
BDNFP23560 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
BDNFP23560 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
BDNFP23560 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BDNFP23560 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
BDNFP23560 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
BDNFP23560 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
BDNFP23560 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
BDNFP23560 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
BDNFP23560 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
BDNFP23560 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
BDNFP23560 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms