Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD4P09016 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD4P09016 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD4P09016 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms