Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHOX2O60902 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHOX2O60902 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms