Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 MAD1L1-204ENST00000406869 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC135506.1-201ENST00000603877 1799 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CCSER2-203ENST00000372088 7657 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ISY1-203ENST00000393295 3842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 SNCAIP-222ENST00000542191 2729 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 MGC16275-201ENST00000499670 2501 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CYP51A1P3-201ENST00000400072 1428 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CNMD-203ENST00000448904 1444 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AXL-202ENST00000359092 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PDHB-210ENST00000485460 1397 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CCDC187-203ENST00000569961 3158 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 FTO-214ENST00000636218 2227 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 SLC35B3-201ENST00000379660 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CLDN25-201ENST00000453129 754 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TCEAL4-206ENST00000468024 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TOB1-AS1-202ENST00000514358 690 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AP000920.1-201ENST00000531824 344 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AP003071.1-201ENST00000567925 622 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 LINC01836-201ENST00000586061 829 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TYMSP2-201ENST00000589501 424 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 BLVRB-202ENST00000595483 649 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 C2orf27AP1-201ENST00000618128 586 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 LINC00969-253ENST00000625338 804 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 DCAF8L2-203ENST00000545306 2013 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 RAPGEF3-218ENST00000548919 2776 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ATP2C1-201ENST00000328560 3484 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 IFRD1-205ENST00000429071 1938 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 C12orf66-201ENST00000311915 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CDK20-209ENST00000605159 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ABCA7-203ENST00000435683 6211 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TSPAN31-201ENST00000257910 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 NDRG4-236ENST00000566192 3265 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PRR3-201ENST00000376557 1797 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 B4GALT4-201ENST00000359213 2385 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 LARP7-202ENST00000344442 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 IL20RA-201ENST00000316649 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ALOX15-201ENST00000293761 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 VOPP1-217ENST00000625836 1400 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CALB1-201ENST00000265431 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 B3GNTL1-201ENST00000320865 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CLUL1-202ENST00000400606 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 FKBP4P8-201ENST00000610931 1369 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ZCCHC18-206ENST00000611638 2941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 HIGD2A-201ENST00000274787 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TNNT3-201ENST00000278317 1210 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TNNT3-207ENST00000381589 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CLIC1-209ENST00000395892 1197 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 MKNK1-205ENST00000428112 1270 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 RAB34-211ENST00000450529 1184 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 SRPK2P-201ENST00000523408 1100 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PIGT-208ENST00000545755 1158 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 OSMR-AS1-204ENST00000636516 850 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ABCG8-201ENST00000272286 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 SYT1-204ENST00000457153 4592 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AL391097.1-201ENST00000432706 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TRAF3IP3-204ENST00000367026 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AC011298.1-201ENST00000407635 3398 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 WHRN-201ENST00000265134 2847 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 SERPINI1-201ENST00000295777 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PEG10-205ENST00000612748 2585 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 PGAP2-204ENST00000396991 1798 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 TRAPPC4-214ENST00000533632 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 AL109809.1-201ENST00000418979 1367 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCA1P28370 EPS8L3-201ENST00000361852 2130 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms