Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL160191.2-201ENST00000603975 601 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A21P-201ENST00000611282 517 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RTFDC1-201ENST00000023939 1745 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AADAT-206ENST00000509167 2113 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KREMEN1-202ENST00000400335 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 INF2-202ENST00000330634 7578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SNAPC2-206ENST00000597584 1413 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KIAA1683-201ENST00000392413 4402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP1-201ENST00000264638 5276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HDAC2-206ENST00000519108 2000 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CSPG4P11-201ENST00000560634 4910 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TPM2-204ENST00000378300 1771 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 OTUD4-201ENST00000447906 3829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TPO-205ENST00000382201 2956 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HECTD1-203ENST00000553700 9080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM189A1-201ENST00000261275 4705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MTMR4-204ENST00000579925 5622 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RCC2P1-201ENST00000452257 1476 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SALL2-205ENST00000611430 1466 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ANKRD18A-201ENST00000399703 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GALP-201ENST00000357330 938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MIR1307-201ENST00000408840 149 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SEPT7-AS1-201ENST00000412856 587 ntTSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL391832.2-203ENST00000423175 554 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 IGLV9-49-201ENST00000427632 409 ntAPPRIS P1 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL513211.1-201ENST00000429053 483 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GALP-202ENST00000440823 889 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PRKCZ-AS1-202ENST00000444529 622 ntTSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HMGB3-204ENST00000448905 812 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 VENTXP4-201ENST00000449029 958 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CYP4F36P-201ENST00000589193 186 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HKR1-220ENST00000591259 734 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TUBB6-214ENST00000592683 481 ntTSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MCEMP1-202ENST00000597445 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC02018-201ENST00000608169 1268 ntTSL 4 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.157-201ENST00000622819 262 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 LINC01869-204ENST00000635639 1047 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ICE1-201ENST00000296564 7927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HDAC7-209ENST00000427332 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SERPING1-201ENST00000278407 2002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ELOA2-202ENST00000620522 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PAX7-203ENST00000420770 5538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PPP3CA-202ENST00000394853 3604 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SDF2-201ENST00000247020 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KCND3-201ENST00000302127 2659 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HSP90AA1-201ENST00000216281 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC015909.5-201ENST00000624336 2266 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 OXSM-201ENST00000280701 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NOC2L-201ENST00000327044 2790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PGD-201ENST00000270776 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PREX1-201ENST00000371941 6636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DPEP2-202ENST00000393847 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-229ENST00000514181 6795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 REV3L-207ENST00000435970 10943 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PERP-201ENST00000421351 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-226ENST00000513689 6879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-231ENST00000515165 6870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CLEC20A-202ENST00000623247 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GLIS2-202ENST00000433375 3705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-207ENST00000429973 7120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-217ENST00000507336 7116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 WNT7A-201ENST00000285018 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 EPPIN-201ENST00000336443 1217 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NAA60-205ENST00000424546 1149 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL512599.1-201ENST00000430724 685 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms