Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC9Q9Y3X0 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC9Q9Y3X0 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC9Q9Y3X0 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.6 ms