Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP40Q9NVE5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP40Q9NVE5 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms