Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIG4P49917 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIG4P49917 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIG4P49917 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIG4P49917 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIG4P49917 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIG4P49917 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LIG4P49917 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIG4P49917 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG4P49917 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG4P49917 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIG4P49917 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms