Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A1P12109 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A1P12109 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A1P12109 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms