Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC074050.2-201ENST00000563338 538 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PFDN5-220ENST00000628881 231 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DNASE1L1-206ENST00000393638 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 STXBP6-202ENST00000396700 4021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 BAIAP3-201ENST00000324385 4678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC004997.1-205ENST00000447976 1851 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TCF3-201ENST00000262965 4451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 XPNPEP1-201ENST00000322238 2467 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RAPGEF1-201ENST00000372189 6085 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DDX3X-201ENST00000399959 5399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TXLNA-201ENST00000373609 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-214ENST00000505165 6633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-220ENST00000507896 6600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DNMT3L-201ENST00000270172 1706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TRIM46-210ENST00000545012 2979 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FCRL6-201ENST00000321935 1997 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PASK-203ENST00000403638 5161 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SPTBN2-209ENST00000533211 8128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PLAGL1-201ENST00000354765 3663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC046130.1-201ENST00000501954 2179 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 NSMCE1-201ENST00000361439 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC234644.1-201ENST00000406065 370 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P56-201ENST00000505767 954 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC111149.2-202ENST00000518355 599 ntTSL 4 BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 AL049840.2-201ENST00000602722 535 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ANTXR2-203ENST00000403729 8273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 PTPRH-202ENST00000376350 3877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 TLR6-202ENST00000436693 5880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP4-201ENST00000350060 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 NT5C3A-213ENST00000610140 1670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TMSB4X-202ENST00000380635 767 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PPM1N-205ENST00000401705 771 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 KRT18P4-201ENST00000422599 1288 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC116609.2-201ENST00000431542 256 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MOCS1-207ENST00000432280 1071 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ASS1P2-201ENST00000439895 1223 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CYB561A3-208ENST00000536915 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ALG10B-203ENST00000551464 571 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
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