Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5P4

COL4A3BP, Collagen type IV alpha-3-binding protein, humanhuman

Predictions only

Length 624 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3BPQ9Y5P4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A3BPQ9Y5P4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A3BPQ9Y5P4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms