Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCL28Q9NRJ3 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms