Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP28Q96RU2 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP28Q96RU2 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP28Q96RU2 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms