Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
VPS35Q96QK1 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VPS35Q96QK1 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VPS35Q96QK1 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.5 ms