Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPUSD4Q96CM3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.9 ms