Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
VPS53Q5VIR6 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS53Q5VIR6 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS53Q5VIR6 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms