Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 AC009446.1-201ENST00000519840 808 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NCBP3Q53F19 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
NCBP3Q53F19 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms