Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
NEK3P51956 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
NEK3P51956 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NEK3P51956 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
NEK3P51956 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
NEK3P51956 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
NEK3P51956 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
NEK3P51956 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
NEK3P51956 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NEK3P51956 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NEK3P51956 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NEK3P51956 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NEK3P51956 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms