Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
MSX1P28360 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
MSX1P28360 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
MSX1P28360 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
MSX1P28360 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC20.45■□□□□ 0.87
MSX1P28360 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
MSX1P28360 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
MSX1P28360 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
MSX1P28360 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
MSX1P28360 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms