Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
HOXD4P09016 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
HOXD4P09016 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.6 ms