Protein–RNA interactions for Protein: P0CW20

LIMS4, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS4P0CW20 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMS4P0CW20 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMS4P0CW20 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMS4P0CW20 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMS4P0CW20 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMS4P0CW20 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMS4P0CW20 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMS4P0CW20 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIMS4P0CW20 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
LIMS4P0CW20 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
LIMS4P0CW20 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIMS4P0CW20 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIMS4P0CW20 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LIMS4P0CW20 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LIMS4P0CW20 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMS4P0CW20 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
LIMS4P0CW20 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMS4P0CW20 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMS4P0CW20 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMS4P0CW20 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms