Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GYPC-203ENST00000409836 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MFAP3-202ENST00000439768 1186 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SPINT2-204ENST00000587090 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC27A5-204ENST00000594786 643 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PGPEP1-203ENST00000595066 762 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC114296.1-204ENST00000637197 1173 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARID4B-201ENST00000264183 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-232ENST00000515411 6960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-233ENST00000515765 6981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NOTCH1-201ENST00000277541 9371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DAAM2-202ENST00000398904 6224 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PER3-208ENST00000613533 6318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.76□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZBTB1-201ENST00000358738 4119 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ISY1-RAB43-201ENST00000418265 4868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 HPGD-209ENST00000510901 1535 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1A-203ENST00000392711 4327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NDUFA10-201ENST00000252711 4915 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC067931.2-201ENST00000623655 2003 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 WNT2B-202ENST00000369684 3818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-203ENST00000414651 841 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC01868-201ENST00000414965 562 ntTSL 4 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC092265.1-201ENST00000422638 498 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SSTR1-201ENST00000267377 4295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 USP49-203ENST00000394253 9034 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SYNPO-205ENST00000522122 5098 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 COL1A1-201ENST00000225964 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 DOCK4-206ENST00000437633 6212 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MROH2A-208ENST00000610772 5324 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms