Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 HIC2-203ENST00000443632 6940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 NUTM2E-202ENST00000602967 3623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 CCNI-201ENST00000237654 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SEZ6L-201ENST00000248933 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SEZ6L-210ENST00000629590 3215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 CCND3-215ENST00000511642 2394 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 EPB41L1-202ENST00000338074 6266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PTPRS-204ENST00000587303 6353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 ZNF501-205ENST00000620116 3382 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 RUNX3-203ENST00000399916 4340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PLA2G4B-201ENST00000452633 2985 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 TP73-211ENST00000604074 4806 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PI4KA-201ENST00000255882 6752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PEG10-205ENST00000612748 2585 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 KDM8-212ENST00000568965 1655 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 FAM167A-201ENST00000284486 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SMARCA5-201ENST00000283131 7923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 INSRR-201ENST00000368195 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 FUT3-207ENST00000589620 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 RAP2B-201ENST00000323534 8351 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 TMEM45A-202ENST00000403410 1910 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 FAM200A-202ENST00000449309 2480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 FAM189A1-201ENST00000261275 4705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 C1S-202ENST00000360817 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 ARMCX2-201ENST00000328766 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PCDHB5-201ENST00000231134 3408 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 ADCYAP1R1-207ENST00000614107 6575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 PTK2-202ENST00000395218 4415 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 GDAP2-201ENST00000369442 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 EFHC2-202ENST00000420999 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 CETP-201ENST00000200676 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 TKFC-201ENST00000394900 4696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SYNE3-201ENST00000334258 3275 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 LRP8-203ENST00000354412 2553 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 TIPARP-201ENST00000295924 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 LCOR-203ENST00000371097 4852 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 RNF43-205ENST00000581868 2610 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ERCC4Q92889 SEPT7-202ENST00000399034 4399 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 PRKN-205ENST00000366897 2877 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 NFATC2-203ENST00000414705 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 SGSM1-206ENST00000610372 5991 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 OCRL-201ENST00000357121 5138 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 TRIM26-267ENST00000453195 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 ADCY4-202ENST00000418030 3353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 NPTN-201ENST00000345330 2444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 TAF9-202ENST00000328663 1461 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 SLC22A2-202ENST00000366953 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 PLOD2-202ENST00000360060 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 RAB18-208ENST00000611151 4931 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 CAMKV-215ENST00000488336 2905 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 MAP7-202ENST00000432797 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 LINC01285-204ENST00000634601 1947 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 C12orf76-201ENST00000309050 1964 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 KBTBD7-201ENST00000379483 4734 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 GK-205ENST00000378946 3638 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 YWHAE-201ENST00000264335 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 GEM-201ENST00000297596 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 UHMK1-203ENST00000538489 8446 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 CDC20B-203ENST00000381375 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 TONSL-201ENST00000409379 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 PLAT-201ENST00000220809 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 RNF214-201ENST00000300650 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ERCC4Q92889 AFF1-201ENST00000307808 9390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms