Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC012358.2-201ENST00000430010 1434 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDK20-201ENST00000325303 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TNFSF13-203ENST00000380535 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MEG8-221ENST00000636391 2155 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LAMP2-203ENST00000434600 2089 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZSCAN5B-202ENST00000586855 2059 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KCTD6-205ENST00000490264 1759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ABI2-213ENST00000424558 2240 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ATP1B3-201ENST00000286371 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 C20orf141-201ENST00000380589 730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC098657.1-201ENST00000416270 1135 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HNRNPA3P6-201ENST00000472163 1006 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC113133.1-201ENST00000522388 1088 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SRP54-AS1-204ENST00000556705 580 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TCL1A-209ENST00000557043 980 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC104590.1-201ENST00000560813 648 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ETV4-208ENST00000586826 917 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MCF2L-209ENST00000397036 1544 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MAD2L1BP-202ENST00000451025 1517 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GOLGA8IP-201ENST00000340249 1899 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDH16-204ENST00000565796 2694 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TRO-225ENST00000622017 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KRT17P4-205ENST00000579946 2555 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 FAM90A12P-201ENST00000519497 2375 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 FAM90A24P-201ENST00000520792 2369 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 OASL-202ENST00000339275 1492 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HLF-202ENST00000430986 1385 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AP2M1-207ENST00000439647 1950 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL391647.1-201ENST00000395664 511 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CPSF4L-202ENST00000397671 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ATRAID-202ENST00000405489 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RPSAP6-201ENST00000417882 882 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LINC00700-202ENST00000438372 777 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GSS-202ENST00000451957 1092 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PRSS46-201ENST00000463091 982 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDIPT-AS1-202ENST00000565014 729 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC016586.1-201ENST00000600056 684 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AP003900.1-201ENST00000622592 859 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GPN1-211ENST00000610189 1778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TRAIP-201ENST00000331456 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RNF26-201ENST00000311413 2787 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MGRN1-211ENST00000588994 1665 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ERP29-202ENST00000455836 1333 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PRMT2-216ENST00000621201 1301 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MAP7-205ENST00000544465 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ABAT-213ENST00000567812 1959 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC104452.1-203ENST00000636166 2266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SIGLEC6-204ENST00000391797 1391 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TBC1D3P2-201ENST00000339120 1513 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 THPO-203ENST00000445696 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ECI2-207ENST00000465828 1548 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PTCD2-207ENST00000503868 1653 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL359979.2-201ENST00000435108 613 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MAGEA7P-201ENST00000436482 942 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PLSCR1-202ENST00000448787 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL136084.1-201ENST00000449172 318 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TCEAL4-206ENST00000468024 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC078852.1-201ENST00000515842 441 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC090282.1-201ENST00000572821 534 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 C19orf53-202ENST00000588234 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MEP1AP1-201ENST00000636082 1097 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SLC43A3-214ENST00000529554 2207 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RSPH4A-202ENST00000368580 1410 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 KRT4-204ENST00000551956 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
TCOF1Q13428 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
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