Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CHMP3Q9Y3E7 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
CHMP3Q9Y3E7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms