Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC43Q96MW1 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC43Q96MW1 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC43Q96MW1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC43Q96MW1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC43Q96MW1 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC43Q96MW1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms