Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TNFRSF4P43489 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms